O programa de pós-graduação conta com um número limitado de bolsas de estudos do sistema CAPES e CNPq. Na hipótese do número de bolsas disponíveis ser inferior ao número de candidatos que delas necessitem, a sua distribuição entre os candidatos aceitos obedecerá à classificação final do processo seletivo. A classificação será válida até o início das inscrições para o próximo semestre. Após esse período, os candidatos classificados e que não obtiveram bolsa deverão participar de novo processo seletivo.
Em complementação as bolsas listadas acima, a CCP incentiva os orientadores a buscarem financiamento e bolsa de estudo junto às empresas e outras agências de fomento, particularmente à Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP).
Bolsa doutorado – FAPESP
A duração ordinária da Bolsa de Doutorado é de 36 meses, podendo ser prorrogada, em condições excepcionais e muito bem definidas e justificadas, por período não superior a 12 meses, dependendo da avaliação de mérito.
Essa bolsa é concedida em dois níveis (DR-I, com duração máxima de um ano e DR-II, com duração máxima de três anos). Caso a bolsa seja concedida, será descontado da duração máxima o tempo já usufruído de bolsa de outra agência.
Bolsa mestrado – FAPESP
A duração máxima da bolsa de Mestrado é de 24 meses e a bolsa é concedida em dois níveis (MS-I e MS-II). No caso de candidato já contemplado com bolsa de outra agência, a solicitação somente será analisada pela FAPESP se recebida antes de completados 3 (três) meses de vigência dessa bolsa. Além disso, a concessão só será possível quando o parecer da assessoria não fizer reparos ao mérito da solicitação e recomenda incondicionalmente o seu atendimento. Caso a bolsa seja concedida, será descontado da duração máxima o tempo já usufruído de bolsa de outra agência ou da própria FAPESP (bolsa TT-3).